Thuế VAT và hoàn thuế VAT của dự án ODA

:-w Mình đang thực hiện 1DA ODA vốn vay Đan Mạch, nhà thầu EPC là 01 Cty của Đan Mạch, trong Hiệp định vay và trong Hợp đồng đều quy định: Nhà thấu sẽ được miễn phí hải quan và các thuế nhập khẩu khác, thuế VAT, thuế thu nhập cá nhân với người nước ngoài phát sinh tại Việt Nam phù hợp với hiệp định vay vốn giữa CP Việt Nam và CP Đan Mạch. Cũng xin nói thêm, DA của mình khởi động từ năm 2001, đến năm 2006 mới ký kết Hợp đồng, Đầu năm 2007 mới bắt khởi công XD. Hiện nay mình đang vướng mắc rất nhiều trong vấn đề đã nêu, xin anh em tư vấn và chia sẻ, cho mình hỏi:
1. Trong bảng Dự toán tổng hợp (không có dự toán chi tiết)phân khai giá thành hai cột: cột 1-Giá Hàng hóa xuất xứ từ Đan Mạch, cột 2-Giá hàng hóa có xuất xứ từ nước thứ 3 và Việt Nam, đảm bảo nguyên tắc 50/50. Vậy cho minh hỏi: để hoàn thuế VAT cho nhà thầu mình cần phải tiến hành các công việc gì ?
2. Cơ quan thuế tính thuế nhập khẩu dựa vào Invoice (bảng báo giá của nhà sản xuất) của hàng hóa nhập khẩu. Thực tế tổng giá trong Invoice lớn hơn rất nhiều so với tổng giá theo hợp đồng và nếu căn cứ vào Invoice để nộp thuế thì Chủ đầu tư sẽ thiếu rất nhiều (vốn đối ứng đã phê duyệt). Theo anh em Vấn đề này sẽ giải quyết như thế nào, chỉ hộ mình với?

Bạn làm dự án nước Bắc giang? Về câu hỏi của Bạn, Tôi chưa hiểu rõ lắm nhưng có một vài ý như thế này thôi.

- Trách nhiệm làm hồ sơ hoàn ứng VAT là của nhà thầu, CĐT chỉ xác nhận khối lượng vật tư, công việc thực hiện cho nhà thầu làm cơ sở hoàn VAT thôi.

- Như bạn nêu, giá trong invoice của nhà thầu cao hơn giá trúng thầu thì nhà thầu lỗ ah? Thuế nhập khẩu do CĐT tính toán nếu thiếu, Bạn có thể đề nghị các cơ quan có thẩm quyền ghi thu, ghi chi phần này hoặc tạm ứng từ ngân sách địa phương, nhưng kiểu gì nó cũng phải được hạch toán vào giá trị dự án (TMĐT), nếu vượt TMĐT thì đây là bài toán khó. Vướng mắc như thế này các dự án ODA gặp phải rất nhiều vì khi tính toán thuế NK chủ yếu tính theo dự toán, nhưng khi thực hiện giá Vật tư NK thường cao hơn nhiều.