Có thể phân bổ thuế VAT đầu vào của những năm xây dựng cho các năm vận hành không?

Khi thẩm tra tính hiệu quả của dự án, tư vấn thẩm tra gặp tình huống sau, nhờ các pro chỉ giúp:
Công trình xây dựng từ năm 2010 đến năm 2013. Năm 2014 đi vào hoạt động. Trong những năm xây dựng VAT_{đầu vào} > VAT_{đầu ra}. Còn các năm vận hành dự án từ 2014 trở đi VAT_{đầu ra} > VAT_{đầu vào}. Theo nguyên tắc thì trong những năm xây dựng thì được hoàn thuế. Nhưng vấn đề hoàn thuế rất khó và lâu.

Câu hỏi đặt ra là: Liệu có thể phân bổ thuế VAT_{đầu vào} cho các năm từ 2014 trở đi được không?
Bên tư vấn lập giải thích rằng vì thủ tục hoàn thuế rất khó khăn (phải được cơ quan Thuế xuống doanh nghiệp kiểm tra, thủ tục rất loằng ngoằng, mà như thế thì chẳng ai thích). Nên họ quyết toán cho 1 cụm công trình được phân bổ như thế để lúc nào cũng có VAT_{đầu ra} > VAT_{đầu vào}, vừa nộp được thuế cho nhà nước vừa không phải hoàn thuế.
Vấn đề tư vấn thẩm tra băn khoăn là không thể giữ VAT đầu ra suốt thời gian xây dựng 3 năm sau mới bắt đầu phân bổ vì theo nguyên tắc cứ 1 năm phải quyết toán thuế 1 lần. Bên tư vấn lập công nhận đúng như thế. Nhưng mà quyết toán cho 1 công trình trong cụm công trình thì lại được. Tư vấn lập giải thích đó là nguyên tắc bên kế toán khi quyết toán thuế cho 1 công trình cụ thể. Khi hoàn thuế VAT âm, nếu VAT âm thì được phân bổ vào những năm xuất hiện VAT_{đầu ra}.
Khi được hỏi, tôi đi tìm đọc về vấn đề hoàn thuế nhưng không thấy (hoặc chưa thấy) nói về thời điểm nào phải làm thủ tục hoàn thế chỉ thấy có chỗ quy định là khi đang đầu tư thì được hoàn thuế thôi. Các pro có kinh nghiệm chỉ giúp tôi và anh/em đi sau gặp tình huống tương tự tham khảo nhé. Thanks.

Dear Mr Thế Anh!

Em có hỏi câu hỏi này cho Anh kế toán trưởng bên em trước đây, Anh ấy chuyên làm dự án. Anh ấy trả lời như sau:

Về vấn đề thuế thì theo quy định:
- Đối với DN hoạt động SXKD bình thường thì có 3 tháng thuế GTGT đầu vào âm liên tiếp thì đủ điều kiện làm hoàn thuế GTGT.
- Đối với dự án đầu tư, khi có thuế GTGT âm trên 200 triệu đồng thì đủ điều kiện hoàn thuế GTGT.
- Còn đối với DN có cả 2 loại hình vừa hoạt động SXKD, vừa đầu tư, việc bù trừ thế GTGT nếu đủ điều kiện trên thì cũng đủ điều kiện hoàn thuế GTGT.

Thông thường DN kinh doanh khoảng từ 3 - 5 năm thì duyệt quyết toán thuế một lần trừ những DN thực sự lớn thì khoảng 2 năm. Đối với DN đã duyệt quyết toán rồi thì có thể hoàn thuế trước và kiểm tra sau, còn đối với DN chưa duyệt quyết toán thuế thì chắc chắc sẽ phải kiểm tra thuế sau đó mới đủ điều kiện hoàn thế trừ trưởng hợp một số DN xuất nhập khẩu.

Thông thường thì khi thực hiện đầu tư xây dựng để hình thành tài sản cố định như nhà xưởng, dây chuyền sản xuất, máy móc thiết bị ….chưa phát sinh doanh thu thì có thể được hoàn thuế ngay nếu có số thuế GTGt đầu vào lớn hơn 200 triệu.

Còn trường hợp bất kể là loại DN nào kinh doanh, xây dựng, hoặc đầu tư nếu thuế đầu vào trong những năm xây dựng mà có thuế GTGT đầu vào âm đều được phân bổ vào những năm tiếp theo, đế khi hết âm thì thôi không có thời hạn hết hạn phân bổ. Do vậy để những năm 2014 phân bổ cũng được, nhưng nếu giá trị lớn thì sẽ ảnh hưởng đến vốn kinh doanh của DN do phải treo tiền thuế GTGT.

Còn trường hợp như Bác Thế Anh nói quyết toán từng cụm công trình, từng giai đoạn thì sẽ phát sinh thuế GTGT đầu ra để khấu trừ cũng được, không sao cả nhưng phải đủ hồ sơ ( giống như quyết toán công trình theo tiến độ hoàn thành)

Bác đọc thêm thông tư 129/2008/TT-BTC (thông tư này hết hiệu lực từ 01/3/2012), thay thế bằng thông tư 06/2012/TT-BTC (hướng dẫn việc kê khai, tính thuế, phát hành Hóa đơn, hoàn thuế GTGT dựa theo những thay đổi về chính sách thuế GTGT của Nghị định số 121/2011/NĐ-CP được áp dụng ngày 01-03-2012) và thông tư 28/TT-BTC ngày 28/2/2011 thì sẽ hiểu thêm. Đến cuối năm nay sẽ áp dụng thông tư mới về lĩnh vực này.

P/S: Anh ấy nói câu hỏi chưa cụ thể lắm theo chuyên ngành kế toán, nếu chi tiết hơn thì tốt Anh ạ.

Xin cảm ơn Anh.