II- Trình tự thẩm tra quyết toán đối với các dự án đã thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán:
Đối với các dự án đã thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán, trên cơ sở Báo cáo quyết toán dự án hoàn thành của chủ đầu tư và Báo cáo kết quả kiểm toán dự án hoàn thành của kiểm toán độc lập, cán bộ thẩm tra thực hiện thẩm tra theo các bước sau:
1- Thẩm tra tính pháp lý của hợp đồng kiểm toán, phạm vi kiểm toán, thời gian và thể thức thực hiện kiểm toán đối với dự án.
2- Thẩm tra việc tuân thủ trình tự kiểm toán của Báo cáo kết quả kiểm toán dự án hoàn thành với quy định tại Chuẩn mực kiểm toán báo cáo quyết toán vốn đầu tư hoàn thành số 1000 ban hành theo Quyết định số 03/2005/QĐ-BTC ngày 08/01/2005 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
3- Đối chiếu các nội dung của Báo cáo kết quả kiểm toán dự án hoàn thành với các nội dung quy định tại Điểm 2, mục VI, phần II của Thông tư số 33/2007/TT-BTC ngày 09/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn quyết toán dự án hoàn thành thuộc nguồn vốn nhà nước, Điểm 3 của Thông tư số 98/2007/TT-BTC ngày 09/8/2007 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điểm của Thông tư số 33/2007/TT-BTC; Trường hợp không đảm bảo yêu cầu theo quy định, cơ quan thẩm tra thông báo cho chủ đầu tư để yêu cầu nhà thầu kiểm toán thực hiện kiểm toán lại hoặc kiểm toán bổ sung.
4- Thẩm tra việc chấp hành các văn bản quy phạm pháp luật, những căn cứ pháp lý mà kiểm toán viên sử dụng để kiểm toán dự án trong danh mục các văn bản sử dụng của báo cáo kiểm toán dự án hoàn thành .
5- Xem xét những ý kiến mà chủ đầu tư không thống nhất với báo cáo kiểm toán của nhà thầu kiểm toán.
6- Xem xét việc chấp hành của chủ đầu tư và các đơn vị có liên quan đối với kết luận của các cơ quan Thanh tra, Kiểm tra, Kiểm toán nhà nước (nếu có). Trường hợp cần thiết phải có văn bản xin ý kiến của các cơ quan liên quan để thống nhất hướng xử lý trước khi trình người có thẩm quyền quyết định.
7 - Nhận xét, kiến nghị.
- Nhận xét, đánh giá về các bước thẩm tra trên.
- Kiến nghị biện pháp giải quyết các tồn tại của dự án sau khi quyết toán.
- Kiến nghị với các cơ quan liên quan về quá trình quản lý đầu tư, thực hiện dự án.