Ở đây có hai cách:
1. Hai bên ký phụ lục hợp đồng bổ sung khối lượng (bổ sung khối lượng HĐ ban đầu). Như vậy có hai giá trị là giá trị hợp đồng ban đầu và giá trị hợp đồng bổ sung. Khối lượng thi công nằm trong phụ lục bổ sung này thì được đưa vào phụ lục 04.
2. Hai bên ký hợp đồng điều chỉnh (thay thế giá trị HĐ ban đầu): đưa giá trị phát sinh (phát sinh tăng và phát sinh giảm) vào khối lượng hợp đồng ban đầu. Như vậy được một giá trị hợp đồng mới thay thế giá trị hợp đồng ban đầu (gọi là giá trị hợp đồng điều chỉnh), đi kèm là bảng phụ lục khối lượng-đơn giá mới. Khi đó, khối lượng thanh toán của phần phát sinh đương nhiên nằm trong khối lượng hợp đồng và ta phải đưa vào phụ lục 03.
Thực tế làm theo cách 1 hay 2 đều được. Nhưng theo quan điểm cá nhân tôi, thì làm cách 1 thuận tiện cho các bên quản lý, tránh nhầm lẫn hơn rất nhiều, đặc biệt là khi gói thầu có nhiều lần phát sinh điều chỉnh khối lượng. Mỗi lần phát sinh chỉ cần làm một phụ lục bổ sung là được, thanh toán thì đưa vào PL04, giá trị khối lượng hợp đồng gốc thì giữ nguyên. Như vậy giá trị phát sinh và giá trị hđ ban đầu luôn được rạch ròi, những người tiếp cận công việc giữa chừng cũng dễ dàng nắm bắt được hơn.
Về vấn đề của chủ Thread, bạn cần xem lại xem hợp đồng 2 bên thống nhất ký là hợp đồng điều chỉnh hay là phụ lục bổ sung giá trị để có cách xử lý chính xác.