Theo pháp luật thuế GTGT hiện hành, chỉ khi những đơn vị nào nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ mua hàng hoá, dịch vụ của những đơn vị cũng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ và có lập hoá đơn GTGT hợp pháp thì mới có khả năng được khấu trừ thuế đầu vào một cách chính xác số thuế GTGT thực tế phát sinh theo đúng bản chất của thuế GTGT (tên gọi thuế GTGT chỉ đúng duy nhất trong trường hợp này). Những trường hợp khác còn lại, tức đơn vị nộp thuế theo phương thức khấu trừ mua hàng hoá của đơn vị nộp thuế theo phương thức trực tiếp, hoá đơn đầu vào hợp pháp nhưng không là hoá đơn GTGT mà là hoá đơn bán hàng, thì đối tượng nộp thuế không được khấu trừ hoặc chỉ khấu trừ theo một tỷ lệ ấn định mang tính chủ quan. Một khi là sự ấn định chủ quan thì không phản ánh được phần giá trị tăng thêm thực tế để làm cơ sở xác định số thuế phải nộp, vì vậy trường hợp này đi ngược lại bản chất thuế GTGT mà thực chất chỉ là một phiên bản của thuế doanh thu. Trong khi đó đối với những trường hợp mua hàng là nông sản thực phẩm chưa qua chế biến không có hoá đơn chứng từ mà chỉ cần bảng kê khai (hầu như không có giá trị pháp lý) thì được khấu trừ khống theo tỷ lệ nhất định. Một thực tế trớ trêu là số thuế đầu vào không có thật thì được khấu trừ còn số thuế đầu vào có thật thì không được khấu trừ hoặc chỉ khấu trừ một phần. Quan niệm rằng: mọi chủ thể kinh doanh đều phải được bình đẳng, tức là nếu khi mua hàng họ phải tạm nộp thuế GTGT thì họ phải được khấu trừ, hoàn thuế. Muốn vậy, phải nhanh chóng tiến tới một phương pháp tính thuế thống nhất, một loại hoá đơn thống nhất, trả lại đúng bản chất của thuế GTGT. Cần xác định rằng phương thức tính thuế trực tiếp chỉ là tạm thời, tình thế. Nên chăng cần đưa ra một lộ trình nhất định để các đối tượng nộp thuế theo phương pháp trực tiếp chuẩn bị chuyển sang phương pháp khấu trừ.
Do đó có thể thấy Giá trị gia tăng phải nộp thuế = Giá thanh toán của hàng hoá, dịch vụ (đã tính cả thuế rồi)-giá mua đầu vào của hàng hoá dịch vụ (đã có thuế rồi). Tức là hoá đơn thông thường tuy không tách riêng phần VAT ra nhưng doanh nghiệp bán hàng hoá dịch vụ vẫn phải tính của VAT trong đó để nộp cho Nhà nước theo phương pháp trực tiếp.
Thí dụ ngành SX A quy định:
- GTGT là 25% doanh thu
- Mức thuế suất thuế GTGT là 10%
Vậy cuối tháng khi DN làm báo cáo thuế GTGT thì tự động đi nộp thuế GTGT bằng 2.5% Doanh thu khai thuế.
Thuế TN DN cũng tính tương tự. Thí dụ ngành A quy định lãi 12%, thuế TN 25% thì cứ thế mà nộp thuế TNDN = 3% Doanh thu khai thuế. Ai lãi ít hơn 12% hoặc lỗ cũng ráng chịu, ai biểu làm ăn dở hơn người ta cùng ngành!
