Trước tiên là sự khác nhau về quan điểm phân tích! Đa phần,Chủ đầu tư thì quan tâm đến hiệu quả kinh tế tài chính hơn là hiệu quả kinh tế xã hội. Còn về phía cộng đồng, xã hội mà đại diện là các cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt DA thì lại quan tâm tới Hiệu quả Kinh tế xã hội hơn.
Nghĩa là, Phân tích hiệu quả kinh tế tài chính(PTHQKTTC) thì bước đầu cho Chủ đầu tư thấy được những lợi ích mà dự án sẽ mang lại cho mình, liệu bỏ vốn vào dự án thì sẽ mất những chi phí cơ hội như thế nào?có an toàn không?Có chắc chắn thu được lợi nhuận không?...và cuối cùng chốt 1 câu là dự án có đáng giá không?Có nên đầu tư vào dự án không?
Còn Phân tích kinh tế-xã hội đánh giá DA xuất phát từ lợi ích của toàn bộ nền kinh tế quốc dân và toàn xã hội. Phân tích kinh tế xã hội giúp ta biết rõ chi phí xã hội phải bỏ ra và các lợi ích xã hội thu nhận được khi đưa dự án vào hoạt động do đó dễ dàng đánh giá hiệu quả kinh tế xã hội mang lại hiệu quả cao hay thấp. Thông qua phân tích kinh tế xã hội giúp cơ quan nhà nước quyết định chính xác có nên đầu tư vào dự án hay không ( cho các dự án Nhà nước bỏ vốn đầu tư ).
Thông qua phân tích kinh tế xã hội Nhà nước mới kiểm soát được ảnh hưởng của dự án đến các lợi ích kinh tế xã hội cao hay thấp, đặc biệt là đối với các dự án đầu tư không phải vốn của Nhà nước bỏ ra.
Khi dự án được phê duyệt thì các chỉ tiêu về kinh tế xã hội của dự án còn đóng vai trò là cơ sở để đối chiếu với thực tế xem có phù hợp hay không, từ đó giúp cho các nhà quản lý đưa ra những giải pháp kiểm soát, hiệu chỉnh phù hợp.
Thứ hai là về phương pháp phân tích, hiện nay PTHQKTTC chủ yếu dựa trên những chỉ tiêu định lượng, kết hợp giữa chỉ tiêu tĩnh và chỉ tiêu động. Còn PTHQKTXH chủ yếu dựa trên các chỉ tiêu định tính kết hợp với chỉ tiêu định lượng đơn giản.